تتماشى رسالة القسم مع رسالة الجامعة وكذلك رسالة كلية الطب البيطري التي تهدف إلى توفير تعليم عالي الجودة في مجال الطب البيطري والمجالات ذات الصلة بصحة الإنسان وسلامة الغذاء وكذلك تقديم خدمات للمجتمع وتنمية البيئة. يقوم القسم بقبول الخريجين للحصول على الماجستير والدكتوراه بجانب تدريس مقررات الدبلومات الدراسية فى مختلف التخصصات. ايضا يقوم اعضاء هيئة التدريس بتدريس مادة الباثولوجيا لطلاب البكالوريوس. هذه الجهود تهدف الى تاهيل متخصصى تشريح مرضى مهرة. كما يقوم قسم الباثولوجيا بتقديم خدمات تشخيصية للمجتمع من خلال معمل التشريح المرضى ومعمل الانسجة. اضافة الى ذلك يهتم القسم بنشر الأبحاث العلمية التخصصية في مجال الباثولوجيا والتشريح المرضى وكذلك عمل مشروعات بحثية بالإضافة إلى تقديم تعليم متميز مع استخدام الأجهزة والتكنولوجيا الحديثة للطلاب حتى يستطيعوا المنافسة في سوق العمل المحلية والدولية وخدمة المجتمع والبيئة.